Tanpa orang tua dan rumah yang penuh kasih, dan terus-menerus diburu oleh youkai yang bermusuhan dan tanpa ampun, Natsume mencari pelipur lara - tempat di mana ia berada. Sekarang dalam kepemilikan Natsume, buku itu memberi cucu Reiko kekuatan ini juga, itulah sebabnya makhluk-makhluk yang marah ini sekarang menghantuinya dengan harapan entah bagaimana mencapai kebebasan mereka. Natsume segera menemukan bahwa neneknya yang sudah meninggal, Reiko, telah memberikan kepadanya Yuujinchou, atau 'Book of Friends,' yang berisi nama-nama roh yang dia bawa di bawah kendalinya. Sementara sebagian besar anak laki-laki berusia lima belas tahun, dengan satu atau lain cara, menyimpan rahasia yang berkaitan dengan anak perempuan, Takashi Natsume memiliki rahasia aneh dan menakutkan yang melibatkan youkai: selama dia bisa ingat, dia terus-menerus dikejar oleh roh-roh ini.
